En la pequeña playa conocida en lengua maya con el nombre de Actum Chuleb, según el relato oral más difundido, se fundó el puerto de San Felipe. Existen vestigios mayasque demuestran que el lugar fue poblado con anterioridad a la conquista española.
Cronología de Hechos Históricos.
1853
El 5 de febrero, al separarse de Panabá, el pueblo y puerto de San Felipe, este fue erigido municipio y pasó a pertenecer al partido de Tizimín.
1935
El 12 de julio, por decreto (número 235) quedó integrado el municipio libre de San Felipe. Tiene como cabecera al pueblo del mismo nombre, y como parte de su territorio a la Hacienda Yokdzonot y diversos ranchos, que pertenecían al municipio de Panabá. Entre éstos figuraron San Pascual, San Pablo, San Andrés Poot, San Isidro, San Benito, San Casildo, San Francisco y Dzonot.